Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi dan Peraturan Pemerintah Nomor 4 Tahun 2014 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi dan Pengelolaan Perguruan Tinggi mengatur sistem penerimaan mahasiswa baru pada Perguruan Tinggi Negeri (PTN), termasuk Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen Negeri (PTKKN). Pada UU Nomor 12 Tahun 2012 Pasal 73 ayat (1) disebutkan bahwa “Penerimaan Mahasiswa baru pada PTN untuk setiap program studi dapat dilakukan melalui pola penerimaan mahasiswa secara nasional dan bentuk lain”. Pada ayat (2) disebutkan bahwa “pemerintah menanggung biaya calon mahasiswa yang akan mengikuti pola penerimaan mahasiswa baru secara nasional”.
Sejak tahun 2019 PTKKN pada Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen telah melaksanakan Seleksi Nasional Penerimaan Mahasiswa Baru PTKKN (Selnas PTKKN) sebagai bagian dari proses seleksi mahasiswa untuk masuk ke berbagai program studi sarjana di lingkungan PTKKN. Pada tahun akademik 2020, jalur seleksi ini tetap dipertahankan, ditambah dengan jalur seleksi bakat dan minat berbasis portofolio. Pada tahun 2020, dua jalur tersebut berhasil dilaksanakan secara online. Pada tahun 2020 juga berhasil diselenggarakan jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional berbasis afirmasi untuk putra-putri Orang Asli Papua (OAP).
Pada tahun 2020, baik jalur Seleksi Nasional Minat Bakat (Selnas Minat Bakat) yang berbasis portofolio sebagai jalur tahap pertama maupun Seleksi Nasional Penerimaan Mahasiswa Baru (Selnas PMB) yang berbasis ujian tulis sebagai tahap kedua, maupun jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional berbasis afirmasi (afirmasi OAP) dan jalur seleksi mandiri yang dilaksanakan oleh masing-masing PTKKN pada tahap terakhir. Pada tahun 2020 Selnas Minat Bakat berbasis portofilo, Selnas PMB PTKKN berbasis ujian tulis online serta jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional untuk putra-putri OAP merupakan pola seleksi yang dilaksanakan secara nasional yang diikuti oleh seluruh PTKKN.
Merujuk pada Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 Pasal 73 ayat (1) di atas, maka sejak tahun 2019 penerimaan mahasiswa baru untuk setiap program studi pada PTKKN dilakukan melalui pola penerimaan mahasiswa secara nasional melalui jalur Selnas Minat Bakat berbasis portofilo, Selnas PMB PTKKN berbasis ujian tulis online serta jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional berbasis afirmasi kepada putra-putri OAP dimaksudkan untuk merekrut mahasiswa baru secara nasional tanpa membedakan jenis kelamin, agama, ras, suku, bangsa, kedudukan sosial, tingkat kemampuan ekonomi dan penyandang disabilitas. Khusus untuk jalur penerimaan mahasiswa baru melalui Selnas Minat Bakat merupakan program prioritas pemerintah yang didasarkan pada Instruksi Presiden Nomor 7 Tahun 2014 yang mengamanatkan agar Kartu Indonesia Pintar (KIP) diberikan kepada anak-anak yang berusia 6 sampai dengan 21 tahun dari keluarga pemegang Kartu Keluarga Sejahtera (KKS), sebagai identitas untuk mendapatkan manfaat PIP (Program Indonesia Pintar). Sementara jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional berbasis afirmasi untuk putra-putri OAP di mana Ditjen Bimas Kristen sebagai leading sector Kementerian Agama.
Panitia pelaksana baik untuk Selnas Minat Bakat, Selnas PMB PTKKN maupun jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional Kita Cinta Papua (KCP) pada PTKKN ditetapkan oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Pada periode 2019/2020 hingga 2020/2021, IAKN Manado ditunjuk sebagai panitia pusat baik jalur Seleksi Nasional Minat Bakat (Selnas Minat Bakat) yang berbasis portofolio sebagai jalur tahap pertama maupun Seleksi Nasional Penerimaan Mahasiswa Baru (Selnas PMB) yang berbasis ujian tulis sebagai jalur tahap kedua. Sementara jalur seleksi nasional berdasarkan program nasional Kita Cinta Papua (KCP) dipimpin langsung oleh Direktur Jenderal Bimas Kristen sebagai leading sektor di lingkungan Kementerian Agama RI. Sumber biaya penyelenggaraan Selnas PMB PTKKN dibebankan kepada DIPA Ditjen Bimas Kristen, DIPA PTKKN, dan peserta seleksi. Pelaksanaan Selnas PTKKN secara nasional yang diikuti oleh seluruh PTKKN yang dijalankan di atas prinsip adil, transparan, dan tidak diskriminatif dengan tetap memperhatikan potensi akademik yang tinggi dari calon mahasiswa dan kebutuhan khusus peserta didik PTKKN, baik dari segi fisik maupun mental. Pada periode 2021/2022, bagi peserta seleksi yang telah dinyatakan lulus pada empat jalur Selnas PTKKN hingga jalur Seleksi Mandiri dari keluarga pra-sejahtera dan memiliki prestasi akademik dan non-akademik yang tinggi dapat mengikuti seleksi program beasiswa Kartu PIP baru dan beasiswa Peningkatan Prestasi Akademik (PPA). Periode 2022/2023 jalur pelaksanaan Seleksi Nasional PMB PTKKN sama dengan tahun 2021/2022 yang terdiri dari 4 jalur penerimaan yakni, Jalur Undangan berbasis Kerjasama, jalur Minat Bakat berbasis Portofolio, Jalur Ujian Tulis Online dan Jalur Papua Bangga. Kemudian pada Periode 2023/2024 hingga 2024/2025, IAKN Palangkaraya ditunjuk sebagai panitia pusat pelaksanaan Seleksi Nasional PMB PTKKN yang terdiri dari empat jalur penerimaan yakni, Jalur Undangan berbasis Kerjasama, Jalur Minat Bakat berbasis Portofolio, Jalur Ujian Tulis Online dan Seleksi Nasional Berbasis Afirmasi Putera-Puteri Orang Asli Papua.
Persyaratan untuk diterima melalui 4 jalur seperti yang sudah disebutkan di atas mengacu pada Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 55 tahun 2007 tentang Pendidikan Agama dan Keagamaan Pasal 30 ayat (6) disebutkan yakni bahwa “untuk dapat diterima sebagai mahasiswa pada Pendidikan Tinggi Keagamaan Kristen (PTKK) seseorang harus berijazah SMA atau yang sederajat”. Mereka yang diterima sebagai mahasiswa baru pada PTKKN dimaksudkan untuk menerima pengetahuan dan membentuk sikap, kepribadian, dan keterampilan peserta didik dalam mengamalkan ajaran agamanya, yang dilaksanakan sekurang-kurangnya melalui mata pelajaran/kuliah pada semua jalur, jenjang, dan jenis pendidikan. PTKKN sebagai pendidikan keagamaan adalah pendidikan yang mempersiapkan peserta didik untuk dapat menjalankan peranan yang menuntut penguasaan pengetahuan tentang ajaran agama dan/atau menjadi ahli ilmu agama dan mengamalkan ajaran agamanya. Pada tahun akademik 2025/2026, IAKN Tarutung dihunjuk sebagai host penyelenggara Seleksi Nasional Penerimaan Mahasiswa Baru dengan empat jalur, yaitu: jalur undangan berbasis kerjasama, jalur minat dan bakat berbasis portofolio, jalur ujian tulis, dan jalur beasiswa afirmasi OAP.
Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 27 Tahun 2016 tentang Pendidikan Keagamaan Kristen tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 2012 tentang Pendidikan Keagamaan Kristen Pasal 2 ayat (1) dan (2) menyebutkan bahwa penyelenggaraan pendidikan Keagamaan Kristen bertujuan untuk: (1) mempersiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memahami dan mengamalkan nilai-nilai ajaran agama Kristen dan/atau menjadi ahli ilmu agama Kristen. (2) membentuk peserta didik yang memahami dan mengamalkan nilai-nilai ajaran agama Kristen dan/atau menjadi ahli ilmu agama Kristen yang berwawasan luas, kritis, kreatif, inovatif, dan dinamis dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa yang beriman, bertakwa, dan berakhlak mulia.
